一，设立主体的范围的不同。
根据公司法第五十八条第二款的规定，“本法所称一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司”。而根据个人独资企业法第二条的规定，“本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体”。因此，一人有限责任公司的设立主体可以是自然人，也可以是法人，而个人独资企业的设立主体只能是自然人，因此，一人有限责任公司的设立主体的范围比个人独资企业更为广泛。
二，对资金要求的不同。
一人公司有法定的最低注册资本的要求，根据公司法的第五十九条的规定‘一人有限责任公司的注册资本最低限额为人民币十万元，股东应当一次性足额缴纳公司章程规定的出资额。而且股东应当一次性足额缴纳公司章程规定的出资数额，不得延期或者分期缴纳。股东缴纳出资后，必须经依法设立的验资机构验资并出具证明；’个人独资企业对这方面没有最低限额的限制，只需要投资人申报的出资即可。投资数额由投资人自行申报即可登记，而且不需要经法定验资机构验资。另外一个对公司的出资的限制是公司法第七十二条规定，一人有限责任公司的股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权、股权、债权、探矿权、采矿权等可以用货币估价并可以依法转让的非贷币财产作价出资；但是货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的30%，也就是说，股东用实物、知识产权和土地使用权等非货币财产作价出资金额不得高于注册资本的70%。而个人独资企业对出资类型在法律上并没有作出强制性规定，行动起来比较方便。
三，风险和利润的差异。
所谓的风险就是一旦发生破产等情况，所要承担的责任，根据公司法的规定，一人公司在债务上是以股东认缴的出资额为限承担“有限责任”超过了认缴的出资额的限度，股东个认无需对公司的债务承担连带责任。但公司法同时又规定股东个人责任。如果债权人有充分合理的理由证明一人股东利用公司采用了欺诈、侵吞公司资产、制造公司破产假象等手段，损害了自己利益，那么允许该债权人对一人股东直接提起诉讼，一旦这些理由查证属实，则一人股东个人对债务承担清偿责任。因此，风险只是相对较低一点。个人独资企业法第二条，第十八条，第三十一条规定“投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任。”“个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任”，“个人独资企业财产不足以清偿债务的，投资人应以其个人的其他财产予以清偿”可见，由于我国政策是无限责任原则，所以个人投资企业的经营风险要高于一人有限责任公司。
在利润方面因为一人公司可以利用有限责任的条件规避经营风险，实现经济效率的最大化。个人独资企业因为要承担较大的风险，在现实中常常安于现状，难于追求高利润。
四，举证的难易程度。
公司法第六十四条规定：“一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的,应当对公司债务承担连带责任。”这一点当事人很难举证证明公司的财产独立于股东的财产。因此无疑也加大了一人公司的风险。而个人独资企业只要在工商行政管理机关登记时写明用个人财产还是家庭财产来对企业承担责任即可。相对而言，举证责任较为容易。
五，对财务会计制度的要求有差异。
一人有限责任公司的财务核算要求要高于个人独资企业。由于一人公司虽然也由一人成立，但是本质上属于公司，因此公司法第六十三条规定：“一人有限责任公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并经会计师事务所审计”。而且一人公司必须建立完备的财务会计制度，必须制定年度财务报表以供检查。因此对财务方面的人员要求也就比较严格。个人企业法就没有这么严格的规定，根据个人独资企业法第二十一条的规定：“个人独资企业应当依法设置会计帐簿，进行会计核算”。即法律并没有要求个人独资企业的财务会计报告必须经会计师事务所进行审计，可见，尽管一人有限责任公司的投资方式简单灵活，但财务核算要求相对较高，体现出国家对一人有限责任公司在内部控制上的从严要求，以更好地确保和维护利益相关人的权益，进一步降低投资人滥用有限责任原则而带来的风险。
六，国家政策的不同。
一人公司是新生的一种公司形式，国家对一人公司的管理制度比较严格，而个人独资企业有比较悠久的历史，各种规章制度趋向成熟，国家为鼓励个人独资企业的发展，制定了许多优惠政策，如残疾人员下岗职工兴办或参与兴办的个人独资企业的，经本人申请，主管税务机关审核批准，可按省，自治区，直辖市人民政府规定的减征的范围和幅度，减征个人所得税。个人企业的年度亏损，允许用本企业下一年度的生产经营所得弥补，下一年度不足弥补的，允许逐年弥补。
另一个优惠是税收方面：根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（2000年6月20日）指出：“为了公平税负，支持和鼓励个人投资兴办企业，促进国民经济持续，快速，健康的发展，国务院决定，自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资经营所得，比照个体工商户的生产，经营所得征个人所得税。具体税收政策和征税办法由国家财税主管部门另行制定。”所以个人独资企业经营所得，投资者无需缴纳企业所得税，只需比照个体工商户缴纳个人所得税即可。一人公司则必须缴纳企业所得税和个人所得税两种税负。在实践中“一人公司”除了按照33％的法定税率缴纳企业所得税外，对实现的税后利润全部分配给股东部分，还要缴纳20％的个人所得税，其综合税负率为46.4％（33％＋67％×20％）。而个人独资企业只缴纳个人所得税，按照个体工商户生产经营所得纳税，最低税率为5％，最高税率（应纳税所得超过5万元以上部分）为35％。独资企业的投资者可按工资、薪金所得项目的费用扣除标准确定费用。
七，法律责任的不同。
一人公司因为属于公司的一种，因此受到公司法的限制，一人公司的法律责任细致具体。而个人独资企业法则缺乏明确的法律规定，即使违反了禁止性规定也没有相应的处罚措施，在规定处罚的力度上，对于公司的处罚力度也要明显高于个人独资企业。
八，设立的程序
公司的设立都首先要由公司创办人协商订立公司章程，且有必要的记载事项，第二必须确定股东。第三，缴纳出资，确立机关。第四，依法提交工商行政管理机关登记；而个人独资企业只需满足为一个有完全民事行为能力的自然人，有合法的企业名称，有投资人申报的出资，有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件，有必要的从业人员。没有要求投资人制定企业章程，投资人或者其委托的代理人只需向工商行政管理机关提交个人独资企业设立申请书、投资人身份证明和生产经营场所使用证明即可取得个人独资企业登记，领取营业执照。从程序上看没有设立公司的门槛高，这同国家鼓励中小企业的发展有相当的关联。
九，现阶段设立一人公司的不利因素。
一人公司不必承担无限责任，但正因为如此，可能导致一人公司的滥设。如一个人设立多个一人公司，一人公司作为唯一股东，再设立一人公司等。这种情况将危及债权人的合法权益，降低公司的信用度，当公司从事高风险投资时，很容易导致侵权行为的发生，从而给整个社会带来负面效应。
十，适合设立“一人公司”的情形。
大型企业和高门槛企业一般不会采用“一人公司”的形式。但对于那些资金需要较少，又是专利的拥有者来说，一人有限责任公司的形式可能更加适合。如果有合适的机会，可以考虑创立这样的“一人公司”而哪些行业适宜“一人公司”？具体很难说，批发零售等资本需求不大一般在二三十万左右的行业选择这种新形式可能比较适合，应该会有比较多的代理商也愿意选择设立“一人公司”的形式进行经营。
经过种种分析，投资者欲投资经营，如果是初次经营企业，则最好设立个人独资企业，因为这样既有国家政策的优惠，又可以降低经营的难度。投入的资金相对于大企业而言不多，而且经营规模不大，那么盈利又比较小，而一旦设立一人公司则要考虑到股权的分离，公司章程，经营业务，财务会计报表等等较为专业的事项，所以本着简便实惠的思想，一般选择个人独资企业为好，个人独资企业设立程序简便，船小好调头，在管理方面，企业主也拥有一切事务的权利，有权决定企业的一切事项，因此呢也就更有利于抓住市场商机，可以从事多种行业，等到企业规模越来越大，此时可以适当的考虑降低自己的经营风险，将个人独资企业转化为一人公司。
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